钡餐透视和胃镜是两种不同的操作，各有优势和适应症。钡餐是饮用钡剂后，在放射科进行拍片放射检查，主要观察消化道整体轮廓，如贲门失弛缓的患者食管下段缩窄，呈鸟嘴样改变，而食管上段呈扩张样，食管外轮廓较宽。胃镜检查要观察食管腔内，对于食管扩张的判断不如钡餐准确。但是胃镜能够清晰观察食管黏膜和黏膜表面细小糜烂、充血、出血点以及浅表溃疡，而钡餐检查无法发现。
此外，钡餐检查只能进行观察，无法对病变进行活检；而胃镜可以在观察到病变的同时，用活检钳取病变部位组织送病理科，病理科医生在显微镜下进一步判断，可对疾病做出最准确的诊断。